Биологиялық оқшаулаушы факторлар популяциялар арасындағы генетикалық және физиологиялық ерекшеліктердің жинақталуымен байланысты. Олар бірнеше түрге бөлінеді:
а) Генетикалық оқшаулау:
Популяциялар арасында генетикалық үйлесімсіздік пайда болып, ұрықтану мүмкін болмайды.
б) Экологиялық оқшаулау:
Популяциялар бір географиялық аймақта өмір сүрсе де, әртүрлі экологиялық нишаларды иеленіп, араласпайды. Мысалы, кейбір жәндіктер әртүрлі өсімдіктерді қорек етеді.
в) Уақыттық оқшаулау:
Популяциялардың көбею маусымдары әртүрлі уақытта өтеді.
г) Этологиялық (мінез-құлықтық) оқшаулау:
Жануарлардың шағылысу әрекеттері мен сигналдары әртүрлі болып, шағылысуға кедергі келтіреді.