Бұл ДНҚ молекуласындағы белгілі бір нуклеотидтерге метил топтарының (-CH₃) қосылу процесі. Бұл ген экспрессиясын реттейтін маңызды эпигенетикалық механизм. Әдетте, метил топтары ДНҚ-ның цитозин нуклеотидіне қосылады, әсіресе цитозин-гуанин (CpG) динуклеотидті реттіліктерінде.