Экологияның негізгі түсініктерінің бірі экожүйе.
Экожүйе ұзақ уақыт бойы қатар тіршілік етіп, бір-біріне өзара әсер ететін алуан түрлі тірі ағзалардың және жансыз табиғат факторларының тұрақты жиынтығы. Экологтар экожүйе арасында айқын шегара жоқ деп есептейді. Ең үлкен экожүйе биосфера деп аталады.
Біздің ғаламшарымыз бен онда тіршілік ететін барлық тірі ағзалар осы экожүйеге жатады. Өз кезегінде ол материктер (құрлық) мен мұхиттар экожүйелері болып табылады. Мұхит экожүйесі арал, топарал (архипелаг), маржан рифтері, мұхит тереңдігі және т.б. экожүйелері болып бөлінеді.